El agua, mecanicamente pre-depurada en la cámara séptica, es llevada a la primera biozona, donde giran lentamente los biodiscos.

El proceso de depuración se realiza de forma biológica  a través de microorganismos (biomasa), que se reproducen en los biodiscos formando una biopelícula sobre ellos. La energía que la biomasa  necesita para su vida y multiplicación se recibe de la carga contaminante del agua sucia. El oxígeno imprescindible para la respiración de los microorganismos se genera mediante difusión natural del aire.

En la segunda biozona se dispone de un mecanismo adicional, por el que se produce un proceso de intensa aireación y se termina la depuración del agua. El residuo, formado principalmente por la biomasa, se sedimenta en un espacio cónico situado en la parte inferior del tanque de clarificación y se devuelve automáticamente a la fosa mediante una bomba cuya acción está preprogramada.

El agua depurada sale del tanque mediante reboses, y se dirige a un depósito de acumulación destinado a ese fin o se vierte directamente a suelo (según condiciones normativas locales). No se adicionan químicos o sustancia biológica alguna, y la máxima eficiencia se logra aproximadamente a las tres semanas de operación.

Los parámetros técnicos del agua de salida, garantizados siempre que se respete el régimen de explotación establecido y las aguas de entrada sean asimilables a cloacales, son:
Demanda Biológica de Oxígeno (DBO5): máx. 27 mg/l
Demanda Química de Oxígeno (DQO): 90 mg/l
Sólidos en Suspensión (SS):  máx. 25 mg/l